我在「學術自由的本意與淪喪」一文中主張教育部和國科會的五年五百億與正教授分級制侵犯學術自由，而台塑告莊秉潔教授一案中更充滿對學術自由的無知與誤會，令人遺憾。兩案都顯示國內對「學術自由」這一項受全球憲法保障的基本人權既無知而又不珍惜，這絕非國人之福！
各國之所以會用最高位階的憲法來保障學
術自由，最終目的並非為了保障學者個人的權利，而是要保障全體國人的共同福祉。每個社會都有價值觀上的盲點，或者涉及公共福祉而是非難斷的議題，需要靠學
術界不斷探索與反覆論證的過程去突破既有的盲點，釐清紛爭，找到社會適用的價值與是非。假如學術自由無法獲得合理之保障，社會將囿於威權、財閥的惡勢力，
或者世襲的偏見與盲從，而無法掙脫。因此，學術自由是一切人權的第一道守護關卡，學術自由一淪喪或被任意侵損，其他人的基本人權也終將唇亡齒寒。
台塑的委任律師吳雨學表示，「台塑向來尊重學術及言論自由，但莊秉潔引用不實數據，這些數據僅是推估性質而非實際的排放量，這已不屬言論自由範圍。」學術自由為憲法位階之自由，按講法學出身的吳雨學律師應該基於法學素養而有合理之認知。但是台塑的告訴理由中卻充滿對學術自由的無知與誤會！
即使是理工學院的學術研究課題也經常是「推估性質」而非「實際的量測值」，假如學術的研究未經實驗證實即不可公佈，所有現代物理都將無法萌芽，更別談發展！廣義相對論與許多高能物理的理論，開始的時候都欠缺實驗證據支持，甚至迄今也都是還待實驗進一步證實。尤其是 super string theory 還被諾貝爾獎得者費因曼公開駁斥為荒謬理論，但學術界爭論再激烈都不會氣到要上法院告人。最尖端的學術研究本來就是一直在討論尚未有結論的議題，所以愛因斯坦一生不曾因為相對論而獲諾貝爾獎！據報載：吳雨學強調「研究數據應該建立在事實的基礎上，不應只是推估。」如果要求學術圈不可以引述「推估性質而非實際」的數據，那就等於扼殺了絕大多數的學術活動，更別說是「尊重學術自由」了！
其次，吳雨學律師批評「莊秉潔不是流行病學、健康風險管理的學者」，似乎暗只擁有機械學士與土木博士的莊秉潔教授只有在機械與土木領域內享有學術自由，這又是對學術活動極端地無知的結果。「學術」指的是一種符合學術慣例的「活動」，與當事人的專長背景無關。愛因斯坦發表相對論時身分是「專利審查員」；莊秉潔教授在嚴謹的學術期刊上發表過許多關於空氣品質之軌跡模擬的論文，這是一個與土木系無關的領域，但從來不曾有學術圈內的審查委員質問他：「你是土木博士，憑什麼研究空氣品質」？學術圈內只問你的研究是否有嚴謹的理論基礎與創見，不會去問你的學位是什麼，你現在的頭銜是什麼！學術不是私人的特權或職位，而是一種具有專業性的公共活動！
雪菲爾大學（The University of Sheffield）有位教授將工學院的控制與估測理論用來進行流行病學預測與評估，受到兩個學門的重視，並因而獲得其中一個學門的最高榮譽獎章。這在學術界是司空見慣！莊秉潔教授專長空氣污染與品質監控，以此進一步推斷（speculate）空氣污染與疾病之關係，當然是正常且正當的學術活動。然而台塑在她所發布新聞稿中卻將莊秉潔教授稱為「個人的臆測」，顯然是完全沒有分辨「學術推論（speculate）」與「個人臆測」間的關係 ── 前者有嚴謹的理論基礎與推理過程，後者純屬主觀而欠缺理論基礎與嚴謹的推理過程。
學術圈內的研究與發表經常是尚未成定論的意見，而所有學術理論在剛開始的階段也通常是以「未經證實之推測」質疑學界普遍接受的既有理論，因此英國1988年的教育法案（Education Act）將「學術自由」定義為「在法律範圍內的自由，用以質疑與檢驗普遍沿襲的見解（received wisdom），提出不受歡迎的見解，而不受威脅。」而根據學者Moodie的理解，所謂的「不受威脅」尤其指不受學術圈外（不具有學術批判能力的人）的威脅或干預（Moodie, 1996）。
在台塑告莊秉潔教授一案，莊秉潔教授針對攸關公共福祉的議題提出學術上有根據的推測，這屬於正常的學術活動。但是台塑委託律師對莊秉潔教授提起訴訟，並索賠4000萬，似乎是意圖對莊秉潔教授造成心理與精神上威脅。如果說這「只不過是法律上維護公司權益之行為」，那恐怕是對學術自由最大的漠視與威脅了！
假如台塑真的有心尊重學術自由，建議台塑認真徵詢學術圈內有公信力的意見（並慎防徵詢到不恰當的小人），充分了解學術界慣例，並以學術界的方式對莊秉潔教授的研究提出論證與駁斥。甚至提出經費，獎勵學界研究台塑公害相關議題，以嚴謹數據證實台塑沒有公害，並在國內外學術圈內廣泛發表。按學術慣例，一旦有關於台塑的嚴謹研究發表，莊秉潔教授的未來研究就必須面對這些既有文獻，提出足以說服人的證據。這才是會讓學術界心服的正確作法，也才不會無知地踐踏學術自由卻還拼命說「尊重學術自由」。
最後還得再提另一件相關的遺憾。4月30日的公視「有話好說」裡主持人說：哥白尼提地動說時沒有任何人的權益受到侵損，但本案中台塑的權益已受到侵損。言下之意似乎是學術自由僅限於不損及任何人權益時有效，這種論調會不自覺地導致「從根本上徹底剷除所有學術自由」的後果。學術自由的目的就是要學者「質疑與檢驗普遍沿襲的見解（received wisdom），提出不受歡迎的見解」，所以當然會侵損許多人的權益。以哥白尼為例，上從教皇到教區傳道人，他們的權益全部都受到哥白尼地動說的威脅！
學術自由絕對不以「不侵損個人權益」為前提，學術自由之所以可以「侵損個人權益」，前提是因為它所牟取的乃是公共福祉，而公共福祉高於個人權益。
假如莊秉潔教授是因為私人利益而跟台塑結怨，進而假節學術名義侵損台塑權益，學界當然不會跳出來聲援。學界跳出來，因為大家談的是「公共福祉」！
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